Weiterhin versteht man unter Dekantieren das vorsichtige Umfüllen von Wein aus der Flasche in ein Dekantiergefäß (Karaffe), um ihn von unerwünschtem Weinstein und Bodensatz („Depot“) zu trennen. Da der Kontakt mit der Luft gerade bei älteren Weinen zum „Umkippen“ führen kann, zu kompletter Oxidation und Verderb, verwendet man in solchen Fällen eine schmale Dekantierkaraffe mit geringer Luftspiegelfläche oder füllt den Wein vorsichtig in eine andere saubere Flasche um, ohne das Depot mitzugießen. Man belässt dazu einen kleinen Rest Wein mit Depot in der ersten Flasche und dreht diese in der Endphase ein wenig, um das Depot innen an das Glas unterhalb des Halses zu binden. Um das Depot gut zu erkennen, hält man die Flasche während des Umfüllens vor eine helle Lichtquelle; traditionell eine Kerze. Auch das weitaus häufigere Umfüllen von Weinen ohne Depot in eine Karaffe mit breitem Boden wird umgangssprachlich als Dekantieren bezeichnet. Da hier keine Trennung von Depot und Wein erfolgt, ist die fachlich korrekte Bezeichnung für diesen Vorgang jedoch „Karaffieren“. Auch die verbreitete Bezeichnung „Dekanter“ für das bauchige Zielgefäß ist aus diesem Grunde fachlich falsch. Das Ziel des Karaffierens ist der Kontakt des Weines mit Luft und Sauerstoff, damit sich sein Aroma verbessern kann. Insbesondere junge, noch etwas kantige Weine können durch diesen Vorgang an Geschmeidigkeit gewinnen. Die verwendete Karaffe hat in der Regel einen breiten Boden und der Wein damit eine große Oberfläche, die den Luftkontakt ermöglicht. Es lohnt sich häufig, Rotweine aus dem Barriqueausbau (beispielsweise spanische Reservas) zu karaffieren.